Pregled podataka u BioAtlasu

Unutar BioAtlasa pohranjeni su podaci o vrstama, podaci o opažanjima vrsta, podaci o skupovima podataka i prirodoslovnim zbirkama te multimedijalni sadržaj. Većinu ovih podataka je moguće pretraživati, pregledavati te preuzimati unutar sustava.

Podaci o vrstama

Podaci o vrstama podrazumijevaju informacije zabilježene u BioAtlasu o vrstama prisutnim na prostoru Republike Hrvatske. Uključuju taksonomske podatke kao što su znanstveni i narodni nazivi te srodstveni odnosi, geografsku rasprostranjenost, podatke o ugrozi, zaštiti i zavičajnosti te povezani multimedijalni sadržaj. Podatke o vrstama je u sklopu BioAtlasa moguće pretraživati, pregledavati i preuzimati.

Pretraga podataka o vrstama

Vrste je unutar BioAtlasa moguće pretraživati unosom znanstvenog ili narodnog imena u pretraživač na naslovnoj stranici BioAtlasa ili u pretraživač koji je dostupan odabirom Vrste iz zaglavlja BioAtlasa te odabirom kartice s brojem vrsta na naslovnoj stranici BioAtlasa.

Prilikom upisa naziva vrste za pretragu, BioAtlas nudi popis odgovarajućih naziva iz sustava. Korisnik može odabrati ponuđeno ili upisati svoj naziv. Nazivi dostupni prilikom pretrage vrsta proizlaze iz GBIF taksonomske baze podataka (više informacija u poglavlju GBIF Backbone Taxonomy).

Dobivene rezultate pretrage podataka o vrstama moguće je sortirati rastuće ili padajuće prema najboljem poklapanju, znanstvenom imenu, narodnom imenu ili rangu svojte odabirom padajućih izbornika Sortiraj po te Redoslijed sortiranja. Također ih je moguće filtrirati primjenom ponuđenih kriterija u izborniku s lijeve strane sučelja. Za uklanjanje primijenjenih filtera, potrebno je odabrati ikonu za uklanjanje pored neželjenog filtera.

U slučaju pretrage znanstvenog naziva vrste koji je sinonim, odnosno naziva koji nije prihvaćen, isto će biti naznačeno ispod samog naziva u rezultatima pretrage. Odgovarajući prihvaćen znanstveni naziv vrste vidljiv je u zagradi.

Pregled podataka o vrstama

Odabirom vrste iz rezultata pretrage otvaraju se njezini kataloški podaci. Iznad znanstvenog naziva dostupna je taksonomska klasifikacija vrste s poveznicama na povezane skupine, a ispod znanstvenog naziva vrste vidljiv je njezin taksonomski rang, status znanstvenog naziva te dostupan narodni naziv. Ostali opisni podaci su grupirani i prikazani u tematskim karticama.

Unutar kartice Pregled prikazane su slike opažanja vrste, mrežni izvori podataka o vrsti te karta opažanja vrste. Prostorne podatke opažanja vrste moguće je analizirati u Prostornom portalu odabirom Pogledajte interaktivnu kartu u prostornom portalu (više informacija u poglavlju Prostorni portal) te je sva opažanja i informacije o pojedinačnim opažanjima vrste moguće pregledati i preuzeti odabirom Pregledajte i preuzmite zapise o opažanjima (više informacija u poglavlju Podaci o opažanjima vrsta). Odabirom Primite obavijest kada se dodaju nova opažanja korisniku će na navedenu adresu elektroničke pošte pristizati obavijesti o novim opažanjima vrste.

Unutar kartice Galerija prikazane su slike priložene uz opažanja vrste. Pojedinosti o određenoj fotografiji, kao i poveznica na povezano opažanje, vidljive su u donjem desnom kutu prozora koji se otvara prilikom odabira fotografije. Kartica Grafikoni grafički prikazuje statističke analize opažanja vrste.

Taksonomija vrste prikazana je unutar kartica Imena i Klasifikacija. Unutar kartice Imena vidljiv je prihvaćeni znanstveni naziv vrste te svi njegovi sinonimi, dok kartica Klasifikacija prikazuje taksonomsko stablo vrste.

Unutar kartice Literatura dostupne su vanjske poveznice na znanstvene članke o vrsti, a unutar kartice Sekvence dostupne su vanjske poveznice na izrađene DNK sekvence vrste.

Kartica Pružatelji podataka prikazuje skupove podataka u BioAtlasu koji sadrže opažanja vrste. Odabirom na broj unutar stupca Opažanja moguće je pregledati opažanja vrste proizašla iz odabranog skupa podataka.

Podaci iz Kataloga vrsta predstavljaju informacije o endemičnosti i porijeklu vrste, podatke vezane uz zakonsku zaštitu, ugroženost i stanje očuvanosti vrste te podatke o literaturnim referencama u kojima se spominje pojedina vrsta, ako postoje. Više informacija o Katalogu vrsta dostupno je u poglavlju Katalog vrsta.

Preuzimanje podataka o vrstama

Rezultate pretrage podataka o vrstama moguće je preuzeti na sučelju pregleda rezultata pretrage odabirom Preuzmite. Preuzima se tablica rezultata pretrage podataka u CSV obliku.

Podaci o opažanjima vrsta

Podaci o opažanjima podrazumijevaju zapise opažanja vrsta zajedno s njihovim atributima. Zapisi opažanja bilježe prisutnost ili odsutnost jednog ili više organizama neke vrste u određeno vrijeme na određenom mjestu. Unutar zapisa opažanja bilježe se i dodatne informacije kao što su ime opažača i determinatora, spol i stanje opaženog organizma te uočene ugroze i mjere zaštite njegova staništa. Različiti podaci koji opisuju opažanje, te su zabilježeni u zapisu opažanja, nazivaju se atributi opažanja. Zapise opažanja je u sklopu BioAtlasa moguće pretraživati, a pojedinačne zapise opažanja, zajedno s njihovim atributima, moguće je pregledavati i preuzimati.

Pretraga podataka o opažanjima vrsta

Podatke o opažanjima je u BioAtlasu moguće pretražiti pomoću pretraživača zapisa koji je dostupan odabirom Opažanja iz zaglavlja BioAtlasa ili odabirom kartice s brojem opažanja na naslovnoj stranici BioAtlasa.

Pretraživač zapisa omogućuje pretragu opažanja kroz jednostavnu pretragu, naprednu pretragu, skupnu pretragu svojti, pretragu po kataloškom broju, pretragu opažanja te prostornu pretragu. Različiti načini pretrage opažanja dostupni su odabirom odgovarajuće kartice pretraživača.

Jednostavna pretraga

Jednostavna pretraga služi pretraživanju opažanja određene vrste, odnosno svojte. U okviru za jednostavnu pretragu potrebno je upisati naziv tražene vrste u predviđeno polje. Prilikom upisa naziva vrste za pretragu, BioAtlas nudi popis odgovarajućih naziva iz sustava, a korisnik može odabrati ponuđeno ili upisati svoj naziv. Nazivi dostupni prilikom pretrage opažanja proizlaze iz GBIF taksonomske baze podataka (više informacija u poglavlju GBIF Backbone Taxonomy).

Jednostavna pretraga pretražuje upisanu vrstu ili svojtu prema njezinom znanstvenom ili narodnom nazivu. Ako nema podudaranja naziva, izvršit će se potpuna tekstualna pretraga upisanog naziva među svim definiranim atributima unutar svih opažanja.

Napredna pretraga

Pomoću napredne pretrage moguće je pretražiti opažanja koristeći:

• Tekstualnu pretragu, pretraživanjem tekstualnih pojmova sadržanih u opažanjima;
• Pretragu jedne ili više (najviše četiri) različite vrste istovremeno;
• Pretragu na temelju atributa zapisa opažanja kao što su izvorno navedeno znanstveno ime, institucija povezana s opažanjem, županija, kataloški broj te datuma opažanja.

Opažanja je moguće pretražiti pomoću samo jedne od opcija napredne pretrage, ili pak koristeći više opcija napredne pretrage istovremeno.

Skupna pretraga svojti

Skupna pretraga svojti omogućuje pretragu opažanja više vrsta, odnosno svojti istovremeno. U okviru za skupnu pretragu svojti potrebno je upisati naziv traženih vrsta u predviđeno polje na način da je u svakom retku po jedno ime. Prije pretraživanja potrebno je odabrati jedan od kriterija pretrage:

• Podudarno ime - Unesena imena će se upariti s prihvaćenim znanstvenim imenom u BioAtlas taksonomiji. Rezultati pretrage će uključivati zapise opažanja i za poznate sinonime unesenog imena;
• Izvorno navedeno ime – Unesena imena će se upariti samo sa znanstvenim imenom izvorno navedenim u zapisu opažanja. Rezultati neće uključivati zapise opažanja za poznate sinonime unesenog imena.

Pretraga po kataloškom broju

Pretragom po kataloškom broju se pretražuje jedno ili više opažanja prema odgovarajućem kataloškom broju. U okviru za pretragu potrebno je upisati kataloške brojeve u predviđeno polje na način da je u svakom retku po jedan kataloški broj.

Pretraga opažanja

Sučelje za pretragu opažanja omogućuje pretragu podataka prema nekoliko odabranih kriterija za koje je moguće unijeti jednu ili više vrijednosti (po jedan pojam u svakom retku). Podatke je moguće pretražiti prema ID-u događaja, ID-u nadređenog događaja, broju polja i imenu skupa podataka ili istraživanja.

Prostorna pretraga

Prostorna pretraga omogućuje pretragu opažanja unutar određenog prostornog obuhvata. Željeni prostorni obuhvat moguće je uvesti u obliku Well Known Text (WKT) - POLYGON u predviđeno polje ili iscrtati pomoću alata za ručno crtanje unutar sučelja. Pomoću alata za ručno crtanje moguće je nacrtati pravokutni prostorni obuvat , kružni prostorni obuhvat ili vlastoručni poligonski prostorni obuhvat . Nakon uspješno uvezene ili iscrtane geometrije, otvara se prozor s prikazom rezultata prostorne pretrage te opcijom za pretragu zapisa u odabranom području. Slojeve je moguće urediti odabirom ikone za uređivanje sloja ili obrisati odabirom ikone za brisanje sloja .

Za vizualizaciju i validaciju geometrije WKT (Well Known Text) oblika, preporučuje se korištenje alata poput geojson.io. Za prostorno pretraživanje opažanja koristeći druge formate datoteka (Shapefile, KML, itd.) preporučuje se korištenje Prostornog portala (više informacija u poglavlju Prostorni portal).

Pregled podataka o opažanjima vrsta

Pregled rezultata pretrage opažanja

Rezultate pretrage podataka o opažanjima moguće je pregledati tablično odabirom kartice Zapisi, prostorno u obliku interaktivne karte odabirom kartice Karta, grafički odabirom kartice Grafikoni te je moguće pregledati fotografije vezane za opažanja rezultata pretraga odabirom kartice Slike zapisa.

Dobivene rezultate pretrage podataka o opažanjima moguće je sortirati rastuće ili padajuće prema najboljem poklapanju, nazivu svojte, narodnom imenu, tipu opažanja, datumu dodavanja ili vremenu označavanja odabirom padajućih izbornika Sortiraj po te Redoslijed sortiranja. Također ih je moguće suziti primjenom filtera u izborniku s lijeve strane sučelja. Za više filtera, potrebno je odabrati Prilagodi filtere. Primijenjeni filteri vidljivi su iznad tablice opažanja odakle ih je moguće i ukloniti odabirom ikone za brisanje pojedinačnog filtera ili odabirom Očisti sve za brisanje svih primijenjenih filtera.

Prilikom pretrage zapisa opažanja vrsta, prikazuju se zapisi koji bilježe prisutnost određene vrste, ali i zapisi koji bilježe njezinu odsutnost. Za prikaz samo onih zapisa koji bilježe prisutnost vrste potrebno je odabrati kriterij present iz bočnog izbornika unutar kategorije Zapis, dok je za prikaz zapisa koji bilježe odsutnost vrste potrebno odabrati kriterij absent.

Pregled pojedinačnog opažanja

Za pregled detalja odabranog opažanja, potrebno je odabrati Prikaži zapis uz željeno opažanje.

Atributi zapisa opažanja su prikazani u tabličnom formatu te su tematski kategorizirani. S lijeve strane sučelja su prikazane sve kategorije atributa, a njihov odabir vodi do pripadajućih atributa unutar zapisa. Ovdje je prikazana i lokacija opažanja na karti te povezani multimedijalni sadržaj, ako je dostupan. Odabirom navedenog pružatelja podataka ili izvora podataka zapisa moguće je dobiti više informacija o istima (više informacija u poglavlju Skupovi podataka). Ako je navedena, odabirom navedene povezane reference zapisa otvara se Modul referenci s više informacija o istoj, kao i poveznica za preuzimanje reference, ako je dostupna. Odabirom određene taksonomske svojte unutar zapisa otvara se više informacija o istoj.

U zadanom prikazu, BioAtlas prikazuje sustavno obrađene informacije o opažanju. Odabirom Usporedba izvornih i obrađenih vrijednosti prikazuje se usporedba izvornog zapisa opažanja i zapisa kojeg je kreirao sustav obrađujući i standardizirajući izvorne informacije.

U slučaju zamijećene nepravilnosti unutar zapisa opažanja, istu je moguće prijaviti odabirom Prijavi problem. Sve prijave korisnika su vidljive prilikom pregleda zapisa. Za pregled opažanja koja imaju unesena upozorenja, u filterima pretrage zapisa opažanja moguće je odabrati Ima korisnička upozorenja i/ili Upozorenja korisnika.

U slučaju da se radi o opažanju osjetljive vrste ili opažanja unutar osjetljive lokacije, doći će do generalizacije koordinata (više informacija u poglavlju Podaci o osjetljivim vrstama i lokalitetima) te će isto biti naznačeno u kategoriji Geoprostorni podaci.

Preuzimanje podataka o opažanjima vrsta

Za preuzimanje podataka o opažanjima potrebno je odabrati Preuzmi na stranici rezultata pretrage. Time se otvara sučelje za preuzimanje podataka. U Koraku 1 moguće je odabrati preuzimanje Zapisa opažanja ili Popisa vrsta iz rezultata pretrage, a zatim definirati naziv datoteke, format preuzimanja i format izlazne datoteke. U Koraku 2 je potrebno upisati adresu elektroničke pošte gdje će biti poslana poveznica za preuzimanje zapisa te odabrati svrhu preuzimanja podataka. Odabirom Dalje započinje priprema podataka za preuzimanje. Podatke je moguće preuzeti sa sučelja BioAtlasa ili koristeći poveznicu dobivenu na navedenu adresu elektroničke pošte.

U slučaju preuzimanja zapisa opažanja, preuzimaju se odabrana opažanja i popratne informacije u obliku ZIP mape. Podaci o opažanjima sadržani su u obliku CSV ili TSV datoteke, naziva i formata preuzimanja kako je definirano u Koraku 1 sučelja za preuzimanje. Dodatno, mapa sadrži README datoteku i CSV datoteku citation gdje su navedeni načini citiranja skupa podataka, te CSV datoteku headings s objašnjenjem preuzetih atributa.

U slučaju preuzimanja popisa vrsta, preuzima se tablica vrsta sadržanih u odabranim opažanjima zajedno s pripadajućom taksonomskom klasifikacijom u obliku CSV datoteke.

Skupovi podataka

Zapisi opažanja vrsta, kao i određeni popisi vrsta (više informacija u poglavlju Popisi vrsta), proizlaze iz skupova podataka (eng. data resource) unutar BioAtlasa. Skupove podataka pružaju različite institucije koje prikupljaju podatke o bioraznolikosti, kao što su javne ustanove za upravljanje zaštićenim dijelovima prirode, a sami podaci pristižu u BioAtlas putem pružatelja podataka (eng. data provider), kao što su GBIF, IPT i BioCollect. Skupove podataka dostupne u sklopu BioAtlasa moguće je pretraživati, a njihove podatke pregledavati i preuzimati. Osim toga, moguće je pregledavati i podatke o povezanim institucijama te pružateljima podataka, ali i zapise opažanja vrsta ili popise vrsta proizašle iz pojedinačnih skupova podataka.

Pretraga skupova podataka

Pretraga skupova podataka moguća je odabirom Skupovi podataka iz zaglavlja BioAtlasa ili odabirom kartice s brojem skupova podataka s naslovne stranice BioAtlasa.

Skupove podataka je moguće pretražiti koristeći pretraživač, sortirati rastuće ili padajuće prema imenu, tipu i licenci odabirom padajućih izbornika Sortiraj po te Redoslijed sortiranja te filtrirati koristeći kriterije s lijeve strane sučelja. Za uklanjanje primijenjenih filtera, potrebno je odabrati ikonu [] pored neželjenog filtera.

Pregled skupova podataka

Odabirom pojedinog skupa podataka otvara se sučelje za pregled informacija o istome. Skup podataka može sadržavati zapise opažanja vrsta ili popis vrsta.

Prilikom pregleda skupa podataka koji sadrži zapise opažanja vrsta, ispod imena skupa navedena je institucija koja je pružila zapise opažanja vrsta te korišteni pružatelj podataka, ako su dostupni. Odabirom institucije ili pružatelja podataka moguće je pregledati više informacija o istima. Unutar kartice Metapodaci moguće je pregledati informacije o skupu podataka, unutar kartice Statistike korištenja prikazuje se povijest preuzimanja skupa podataka, a unutar kartice Metrika grafički je prikazana statistika povezanih zapisa. S desne strane sučelja moguće je pregledati povezane zapise opažanja (više informacija u poglavlju Pregled podataka o opažanjima vrsta), preuzeti statistiku korištenja te uključiti obavijesti o novim zapisima ili bilješkama . Ovdje su navedeni i kontakti osoba odgovornih za skup podataka.

Prilikom pregleda skupa podataka koji sadrži popis vrsta, ispod imena skupa navedena je institucija koja je pružila popis vrsta te korišteni pružatelj podataka, ako su dostupni. Odabirom institucije ili pružatelja podataka moguće je pregledati više informacija o istima. Informacije o skupu podataka moguće je pregledati unutar kartice Metapodaci. S desne strane sučelja, dostupan je DOI skupa podataka, povezana licenca te poveznica za pregled popisa vrsta skupa podataka u alatu Popisi vrsta (više informacija u poglavlju Popisi vrsta).

Preuzimanje skupova podataka

Rezultate pretrage skupova podataka moguće je preuzeti na sučelju pretrage skupova podataka odabirom Preuzmi.

Za preuzimanje zapisa određenog skupa podataka potrebno je pregledati zapise u sučelju za pregled opažanja kako je opisano u poglavlju Pregled podataka o opažanjima vrsta, a zatim preuzeti zapise kako je opisano u poglavlju Preuzimanje podataka o opažanjima vrsta. Za preuzimanje popisa vrsta određenog skupa podataka potrebno je pregledati i preuzeti popis vrsta u alatu Popisi vrsta kako je opisano u poglavlju Pregled popisa vrsta.

Prirodoslovne zbirke

Određene institucije, kao što su muzeji i sveučilišta, posjeduju zbirke očuvanih primjeraka organizama. Primjerke organizama sadržane u prirodoslovnim zbirkama moguće je inventarizirati unutar BioAtlasa, odnosno moguće ih je zabilježiti u obliku zapisa opažanja vrsta koristeći podatke o vremenu i lokaciji sakupljanja primjeraka, te ih organizirati prema odgovarajućem kataloškom broju i zbirci.

Prirodoslovne zbirke Hrvatske dostupne su na pregled odabirom Više iz zaglavlja BioAtlasa, a zatim odabirom Zbirke. Zbirke su organizirane s obzirom na skupinu organizama čije primjerke zbirka sadrži, te je pretraga po skupini dostupna s lijeve strane sučelja. Dostupne zbirke je moguće pregledati na interaktivnoj karti gdje je svaka zbirka povezana s lokacijom pripadajuće institucije, ili u obliku popisa gdje su zbirke grupirane prema pripadajućoj instituciji. Odabirom pojedine zbirke se otvara više informacija o istoj te je dostupan pregled zapisa opažanja vrsta pripadajućih primjeraka. Unutar zapisa opažanja vrsta koji predstavljaju primjerke organizama iz zbirka, naveden je kataloški broj primjerka te pripadajuća zbirka i institucija.

Multimedija

Zapisi opažanja vrsta mogu sadržavati priloženu multimediju, odnosno zvučne datoteke (MP3, MP4, VND.WAVE, WAV), slike (JPG, JPEG, PNG, JP2, SCAN, TIFF, WebP, GIF) ili videozapise (MP4) vezane za događaj opažanja vrste. Multimedijalni sadržaj dostupan u sklopu BioAtlasa moguće je pretraživati, pregledavati i preuzimati.

Pretraga multimedijalnog sadržaja

Multimedijalni sadržaj dostupan je odabirom Više iz zaglavlja BioAtlasa, a zatim odabirom Multimedija. Unutar sučelja za pregled multimedijalnog sadržaja, multimediju je moguće pretražiti prema općem pojmu koristeći jednostavni pretraživač. Odabirom Napredno pretraživanje moguće je pretražiti vrijednosti pojedinog odabranog atributa. Pročišćavanje rezultata moguće je koristeći filtere s lijeve strane sučelja. Za uklanjanje filtera potrebno je ukloniti kvačicu iz kućice uz neželjeni filter.

Pregled multimedijalnog sadržaja

Odabirom željenog multimedijalnog sadržaja otvara se prikaz i mogućnost interakcije s datotekom. Unutar kartica Datoteka, Ugrađeno i Sustav dostupne su dodatne informacije o datoteci.

Sadržaj na slikama moguće je mjeriti pomoću alata s lijeve strane sučelja pregleda datoteke. Ako na slici postoji skala, pomoću alata za mjerenje potrebno je označiti određenu veličinu na skali za koju će alat za mjerenje odrediti broj piksela. Zatim je potrebno odabrati alat za kalibraciju te u predviđeno polje upisati kojoj veličini na skali je ekvivalentan izmjeren broj piksela. Time se u polje Linearna skala na desnoj strani sučelja automatski upisuje vrijednost milimetra po pikselu. Primjerice, označena je linija koja odgovara 10 mm na skali, što alat za mjerenje bilježi kao 200 px na slici. U alatu za kalibraciju potrebno je upisati da, za odabranu sliku, 200 px na slici odgovara 10 mm u prirodi. Sljedećim mjerenjem objekta na slici pomoću alata za mjerenje , veličina izmjerenog objekta bit će izražena u milimetrima (Error! Reference source not found.). Mjerenje je moguće ukloniti pritiskom tipke Esc na računalnoj tipkovnici.

Za određenu sliku moguće je izraditi podslike pomoću alata s lijeve strane sučelja pregleda datoteke. Pomoću alata za crtanje pravokutnika , potrebno je označiti željeno područje podslike, a zatim odabrati alat za izradu podslike . Nakon upisa imena i opisa podslike, ista se sprema kao nova multimedijska datoteka te je dostupna prilikom pregleda multimedijalnog sadržaja BioAtlasa. Podslike određene slike dostupne su u izborniku s desne strane sučelja pregleda datoteke ili odabirom Prikaži podslike. Odabirom određene podslike, u izborniku s desne strane sučelja vidljive su povezane informacije te roditeljska slika.

Preuzimanje multimedijalnog sadržaja

Rezultate pretrage multimedijalnog sadržaja moguće je preuzeti na sučelju pretrage multimedije odabirom Preuzmi rezultate. Pojedinačne fotografije moguće je preuzeti odabirom ikone za preuzimanje s desne strane sučelja pregleda datoteke.

Preuzete datoteke potrebno je koristiti u skladu s licencom navedenom uz pojedinačnu datoteku.

Statistika podataka u BioAtlasu

U sklopu nadzorne ploče BioAtlasa, na poveznici dashboard-bioatlas.bioportal.hr, omogućen je pregled tematskih statističkih pokazatelja i grafičkih vizualizacija podataka temeljem analize podataka Atlasa bioraznolikosti.

Pojedine pokazatelje moguće je premještati odabirom i povlačenjem na željenu poziciju. Za povratak na prvotni poredak pokazatelja, potrebno je odabrati Resetiraj raspored. Podatke je moguće preuzeti u CSV obliku odabirom Preuzmi kao CSV ili ih je moguće prikazati u JSON formatu odabirom Prikaži izvorne podatke.

Povratak na vrh