O BioAtlasu – Atlasu bioraznolikosti Hrvatske
Namjena BioAtlasa
BioAtlas je funkcionalna baza za pohranu i dijeljenje podataka o bioraznolikosti na prostoru Republike Hrvatske. Predstavlja prvi hrvatski nacionalni sustav otvorenih podataka o prirodi Hrvatske u otvorenim informacijskim sustavima, i kao takav svim korisnicima omogućuje kontinuiran i samostalan pristup velikoj količini podataka. Temelji se na globalnoj platformi i mreži informatičkih sustava Living Atlases.
Unutar BioAtlasa je moguće pregledavati podatke o vrstama zabilježenim na prostoru Republike Hrvatske. Podaci se prvenstveno odnose na opažanja različitih organizama i njihovih tragova, ali su dostupni i detalji o samim vrstama kao što su njihova taksonomija, ugroženost, zakonska zaštita i zavičajnost. Također je moguće pregledavati fotografije, video ili zvučne zapise vrsta te provoditi analize podataka koristeći različite alate dostupne unutar sustava.
Izvori podataka o bioraznolikosti
BioAtlas predstavlja čvorište za pohranu i prikaz podataka o vrstama zabilježenim na prostoru Republike Hrvatske iz brojnih potvrđenih izvora. Ovi podaci uključuju zapise opažanja vrsta, ali i informacije o samim vrstama.
Izvori podataka o opažanjima vrsta
Podaci o opažanjima vrsta unose se u izravno u BioAtlas putem alata kao što su BioCollect i Integrated Publishing Toolkit (IPT), ili pak potječu iz Globalnog informacijskog sustava za bioraznolikost (GBIF).
- BioCollect je alat unutar BioAtlasa pomoću kojega se podaci o opažanjima vrsta iz raznih istraživanja vezanih za bioraznolikost na području Hrvatske mogu standardizirati i unositi u BioAtlas. Na ovaj se način u BioAtlas unose, primjerice, opažanja iz projekata inventarizacije te opažanja iz projekata praćenja sastavnica prirode. Više informacija o BioCollectu dostupno je u Uputama za BioCollect.
- Globalni informacijski sustav za bioraznolikost (GBIF) je međunarodna mreža i infrastruktura otvorenih podataka koja standardizira i ujedinjuje podatke o bioraznolikosti iz više od 50 000 skupova podataka. Neki od većih skupova podataka unutar GBIF-a proizlaze iz platformi eBird, iNaturalist i Observation.org, ali uključuju i skupove podataka koji su rezultat mnogih stručnih istraživanja. Kao takav, GBIF predstavlja izvor standardiziranih podataka o bioraznolikosti sakupljenih i od strane stručnjaka i od strane građanstva.
- Integrated Publishing Toolkit (IPT) je alat razvijen od strane GBIF-a koji služi za standardizaciju i unos podataka izravno u GBIF. Pomoću ovoga alata moguć je i unos izrazito velikih skupova podataka izravno u BioAtlas, kao što su skupovi podataka koji potječu iz Flora Croatica Database, kataloga invazivnih stranih vrsta ili starih literaturnih referenci.
Izvori podataka o vrstama
Taksonomski podaci o vrstama potječu iz Globalnog informacijskog sustava za bioraznolikost (GBIF), odnosno iz GBIF taksonomske baze podataka koja čini taksonomsku okosnicu svih vrsta u BioAtlasu te kao takva pruža informacije o nazivima i klasifikaciji vrsta (više informacija u poglavlju GBIF Backbone Taxonomy).
Za pojedine vrste postoje i informacije koje potječu iz Kataloga vrsta. Katalog vrsta je alat unutar BioAtlasa pomoću kojeg se unose informacije o ugroženosti, zakonskoj zaštiti i zavičajnosti vrsta. Tu su sadržani podaci iz, primjerice, crvenih knjiga, kataloga stranih vrsta te popisa strogo zaštićenih vrsta. Kroz Katalog vrsta se vrste spajaju i s literaturnim referencama u kojima se spominju.
Informacije o rasprostranjenosti vrsta te multimedijski sadržaj vezan za vrste potječu iz zapisa opažanja vrsta.
Ažurirani podaci iz navedenih izvora podataka se u BioAtlas prenose jedanput mjesečno.
Svi podaci o opažanjima vrsta uneseni u BioAtlas dijele se s Globalnim informacijskim sustavom za bioraznolikost (GBIF) te na taj način doprinose poznavanju raznolikosti života diljem svijeta.
Standardi podataka o bioraznolikosti
BioAtlas korisnicima pruža pristup strukturiranim podacima o bioraznolikosti koji se mogu integrirati u širok raspon informatičkih alata i analiza. Da bi se to postiglo, BioAtlas primjenjuje globalno prihvaćene podatkovne standarde i protokole koji osiguravaju kompatibilnost zapisa i skupova podataka.
Darwin Core standard
Biodiversity Information Standards (TDWG) je međunarodna organizacija posvećena razvoju standarda za način bilježenja i dijeljenja podataka o organizmima s ciljem jednostavnije međunarodne suradnje i razmjene podataka o bioraznolikosti. Jedan od standarda kojeg održava TDWG je Darwin Core podatkovni standard (DwC). Darwin Core se prvenstveno koristi za bilježenje opažanja vrsta u prirodi i povezanih relevantnih informacija, poput informacija koja je vrsta opažena, te kada, gdje i kako je opažena. Darwin Core uključuje rječnik pojmova s pridruženim identifikatorima i pojašnjenjima pojmova dostupan na dwc.tdwg.org/terms.
BioAtlas u potpunosti koristi i primjenjuje Darwin Core standard kako bi se na standardizirani način pohranile i predočile informacije o bioraznolikosti. Popis i objašnjenja najčešćih pojmova, odnosno atributa koji se koriste prilikom bilježenja opažanja u BioAtlasu dostupni su u Prilogu I.
Svi pojmovi (atributi) vezani za opažanja u BioAtlasu slijede Darwin Core (DwC) podatkovni standard. Podaci koji se unose u BioAtlas moraju biti strukturirani prema DwC standardu.
GBIF Backbone Taxonomy
GBIF Backbone Taxonomy je jedinstvena taksonomska klasifikacija s ciljem pokrivanja svih naziva koje sadrži GBIF, pa tako i BioAtlas. Jedinstvena taksonomska klasifikacija omogućuje GBIF-u integraciju informacija temeljenih na imenima svojti iz različitih izvora, bez obzira jesu li to skupovi podataka o opažanjima ili nazivi vrsta iz vanjskih taksonomskih izvora kao što su Encyclopedia of Life, Genbank ili Međunarodna udruga za očuvanje prirode i prirodnih bogatstava (IUCN). GBIF Backbone Taxonomy omogućuje taksonomsko pretraživanje, pregledavanje i izvještavanje na dosljedan način, te osigurava usklađenost imena između različitih izvora. Sačinjen je od 105 različitih izvora taksonomskih podataka, a osnovu čini Catalogue of Life.
Unutar BioAtlas sustava u potpunosti je integrirana GBIF taksonomska baza podataka (GBIF Backbone Taxonomy) te ona čini temelj svih taksonomskih podataka.
Svi nazivi vrsta te taksonomske klasifikacije u BioAtlasu slijede GBIF taksonomsku bazu podataka. Podaci koji se unose u BioAtlas i sadrže nazive vrsta moraju odgovarati GBIF taksonomskoj bazi podataka.
Kontrola kvalitete podataka
Prilikom unosa podataka u BioAtlas, provodi se proces kontrole kvalitete koji uključuje provjeru ispravnosti geografskih koordinata, provjeru ispravnosti navoda znanstvenog imena vrste te provjeru razine ispunjenosti zapisa opažanja. Rezultate ovih provjera te promjena nastalih kao rezultat provjera kontrole kvalitete moguće je vidjeti prilikom pregleda detalja svakog pojedinačnog opažanja (više informacija u poglavlju Pregled podataka o opažanjima).
Podaci o osjetljivim vrstama i lokalitetima
U sklopu BioAtlas sustava implementiran je servis za osjetljive podatke (Sensitive Data Service). Ovaj servis služi za automatsku generalizaciju geografskih koordinata opažanja vrsta koje su u okviru sustava identificirane i označene kao ugrožene, migratorne ili iz bilo kojeg drugog razloga osjetljive. Isto se odnosi i na opažanja zabilježena na osjetljivim lokalitetima, kao što su speleološki objekti. Za takve zapise provodi se generalizacija koordinata prema zadanim pravilima (na razinu kvadranta veličine 10 x 10 km ili 1 x 1 km) te su korisnicima sustava za takve zapise dostupne isključivo ugrubljene geografske koordinate.
Precizne izvorne koordinate osjetljivih vrsta i lokaliteta dostupne su na uvid samo administratorima sustava i odabranim korisnicima kojima je za potrebe poslova zaštite prirode ili istraživanja dodijeljena odgovarajuća korisnička uloga. Takvi bi korisnici koordinate osjetljivih vrsta i lokaliteta trebali dalje objavljivati samo u generaliziranom obliku. Ako za potrebe Vašeg znanstvenog ili stručnog rada trebate pristup preciznim koordinatama, uputite zahtjev na bioportal@mzozt.hr.
Uvjeti korištenja podataka
BioAtlas se temelji na principima otvorenih podataka i otvorene infrastrukture. Podaci u BioAtlasu i infrastruktura BioAtlasa su besplatni te dostupni svima na korištenje uz određene uvjete. BioAtlas slijedi načelo „prikupi jednom, dijeli, koristi više puta“ (eng. „collect it once, share it, use it many times“) čime se promiče učinkovitost upravljanja podacima i istraživanja bioraznolikosti.
U BioAtlas je uključen sadržaj koji je slobodan za korištenje uz određene uvjete. Navod načina i uvjeta korištenja unesenog sadržaja definiran je za svaki skup podataka, prvenstveno koristeći Creative Commons licence za otvoreno korištenje sadržaja. Najčešće korištene licence su:
- CC BY – Dozvoljeno je dijeljenje i adaptiranje sadržaja u sve svrhe, uključujući komercijalne, pod uvjetom pripisivanja autorstva;
- CC BY-NC – Dozvoljeno je dijeljenje i adaptiranje sadržaja u sve nekomercijalne svrhe, pod uvjetom pripisivanja autorstva;
- CC0 – Dozvoljeno je dijeljenje i adaptiranje sadržaja u sve svrhe, uključujući komercijalne.
Prilikom korištenja sadržaja BioAtlasa, potrebno ga je citirati na način:
